全自動均質器是樣品處理過程中不可缺少的設備。常用的均質器主要是旋轉均質器和拍擊式均質器。
旋轉式均質器原理和破壁機一樣，靠旋轉的刀頭將樣品打碎。缺點是每次均質完畢都需要進行清洗，防止樣品之間交叉污染，最終影響檢測結果。
不過全自動均質器不需要擔心這一點，全自動均質器可以自動清洗刀頭，經過嚴格的測試后，最終的清洗效果非常不錯，不會造成交叉污染。
拍擊式均質器使用時會用到無菌均質袋，拍擊的機械裝置作用在均質袋上，不于樣品直接接觸，因此也不用擔心污染的問題。不過缺點也很明顯，拍擊式均質器的均質效果一般，越堅硬的樣品越影響其效果。相比于旋轉式均質器，均質效果沒有那么徹底，無法完全釋放樣品中的組分。
1、 使用前請檢查電源線路，是否有松動等現象。因為無論那種均質器，突然斷電對設備的傷害都比較大。
2、 均質器在工作時不要打開均質器門，一定要在機器關閉后且設備停止運行了再開門。
3、 使用均質器前需要檢查一下均質器內部是否有異物（這一點很容易被忽略，但是很重要，就像開車前要巡視一下汽車周圍一樣）。
4、 某些比較堅硬或者比較大的樣品，在使用均質器前可以先預處理一下，比如用錘子砸小點。
5、 全自動旋轉式均質器，內部有專門的清洗槽，使用完畢后注意清洗，且每此均質任務開始前記得更換清洗液。
6、 均質器不使用時需放置在陰涼、干燥的地方，防止長期的潮濕環境腐蝕設備。
